Oddział jest 33 łóżkowy. Składa się z:

• Sali Intensywnej Terapii, w której znajdują się 4 stanowiska intensywnej terapii i nadzoru
• Sali Opieki Ciągłej, w której kontynuowane jest leczenie noworodków, u których stosowano wspomaganie oddechu
• Sali Opieki Pośredniej, w której leczone są noworodki wymagające stałego monitorowania
  - sal dla matek z noworodkami w systemie rooming-in, w której przebywają matki wraz z noworodkami.

W Oddziale Neonatologicznym leczone są noworodki urodzone przedwcześnie, noworodki z hipotrofią, noworodki z zaburzeniami oddychania, z zakażeniem, z zaburzeniami metabolicznymi, z wadami wrodzonymi, z nasiloną żółtaczką, niedokrwistością, zaburzeniami neurologicznymi, urodzone w ciężkim stanie ogólnym oraz noworodki  z innymi zaburzeniami oraz problemami diagnostycznymi.
Oddział wyposażony jest w nowoczesny sprzęt medyczny. Posiada najnowsze respiratory z automatyczną regulacją podaży tlenu w mieszaninie oddechowej, co zmniejsza ryzyko wystąpienia choroby rodników tlenowych u najbardziej niedojrzałych wcześniaków. Na wyposażeniu oddziału znajdują się również aparaty do nieinwazyjnego wspomagania oddechu metodą CPAP oraz respirator oscylacyjny. Dzięki wyposażeniu oddziału w transportowy inkubator wraz z aparatem do nieinwazyjnego wspomagania oddychania, istnieje możliwość zastosowania wspomagania oddychania metodą nieinwazyjną bezpośrednio po narodzinach dziecka, na sali porodowej lub sali operacyjnej, co zmniejsza potrzebę stosowania inwazyjnych metod wspomagania oddechu u dzieci. Jako jeden z dwóch ośrodków neonatologicznych w południowej Wielkopolsce (poza Kliniką i Katedrą Neonatologii UM w Poznaniu) oddział posiada tlenek azotu do leczenia noworodków, który wykorzystuje się w leczeniu nadciśnienia płucnego.  Noworodki przebywają w nowoczesnych inkubatorach, również hybrydowych, które umożliwiają bezstresową opiekę nad małymi pacjentami. Inkubatory zapewniają prawidłową temperaturę, wilgotność, jałowość powietrza i ciszę. Wyposażone są w wagi, ruchome materacyki, umożliwiają wykonywanie zabiegów pielęgniarskich i leczniczych bez wyjmowania noworodków z przyjaznego środowiska.  Oddział dysponuje najnowszymi kardiomonitorami, pompami infuzyjnymi do podawania dzieciom leków oraz nowoczesnymi ledowymi lampami do fototerapii.
Na wyposażeniu oddziału znajduje się nowoczesny ultrasonograf z funkcją Dopplera, za pomocą którego wykonuje się u noworodków przyłóżkowo badanie usg. przezciemiączkowe oraz jamy brzusznej.
Dzięki współpracy z Oddziałem Chirurgii Dziecięcej, wykonywane są niezbędne zabiegi chirurgiczne u noworodków, które w okresie pooperacyjnym są monitorowane i leczone na Sali IOM Oddziału Neonatologicznego.
Wszystkie noworodki wymagające kontroli okulistycznej, zwłaszcza wcześniaki zagrożone wystąpieniem retinopatii wcześniaczej objęte są badaniami okulistycznymi w trakcie pobytu w oddziale i w razie konieczności kierowane na zabiegi okulistyczne w referencyjnym ośrodku.
U wszystkich noworodków wymagających diagnostyki kardiologicznej wykonywane jest badanie echokardiograficzne przez specjalistę kardiologii dziecięcej.