Zwłoki osoby, która zmarła w szpitalu, mogą być poddane sekcji, w szczególności, gdy zgon tej osoby nastąpi przed upływem 12 godzin od przyjęcia do szpitala, chyba, że przedstawiciel ustawowy tej osoby wyraził sprzeciw lub uczyniła to osoba za życia.
O dokonaniu lub zaniechaniu sekcji zwłok decyduje Dyrektor na wniosek ordynatora oddziału lub w razie potrzeby po zasięgnięciu jego opinii.

Sekcja zwłok wykonywana jest zawsze w następujących przypadkach:

1. określonych w Kodeksie postępowania karnego
2. gdy sekcję zwłok zarządza sąd lub prokurator
3. jeżeli przyczyny zgonu nie można ustalić jednoznacznie
4. w przypadku powzięcia podejrzenia albo rozpoznania zgonu z powodu zakażenia lub choroby zakaźnej
5. gdy istnieją okoliczności, które mogłyby wskazywać na przyczynienie się osób trzecich do zejścia śmiertelnego danej osoby,
6. do osób osadzonych zmarłych w zakładach karnych i aresztach śledczych
    

Wzór oświadczenia członków rodziny ubiegający się o odstąpienie od sekcji zwłok zmarłego